Op een zomeravond in juni 1653 werd de vader van Johan de Witt, Jacob de Witt, aangesproken door een onbekende man. De vraag was eenvoudig maar dreigend: of hij de heer De Witt was. Toen Jacob bevestigend antwoordde, volgde de waarschuwing dat men hem wel zou leren de Prins tegen te spreken. De man toonde zijn mes en liep verder. Eerder had hij bij het logement van Dordrecht, waar vader Jacob verbleef, al naar hem geïnformeerd, eveneens met een mes in de hand.
De zaak werd onmiddellijk serieus genomen. Er werd toezicht ingesteld en boden en dienaren van justitie werden eropuit gestuurd om de man te volgen en aan te houden. Op het plein bij het Binnenhof kwam het tot een confrontatie. De man keerde zich met zijn mes tegen zijn achtervolgers en ging hen achterna, waarop zij zich met stenen verdedigden. Tijdens de achtervolging struikelde hij en viel. Korte tijd later werd hij dood aangetroffen bij de Gevangenpoort.
Johan de Witt schreef hierover uitvoerig aan zijn familie en vrienden. Hij benadrukte dat zijn vader ongedeerd was gebleven en beschreef hoe de man was gevallen en overleden. Hij noemde ‘de onverlaedt’ ook bij naam: Jan den Brunswijcker, woonachtig aan het Noordeinde in Den Haag, die volgens zijn informatie had gehandeld ‘soo ick bericht werde, droncken ende sat sijnde’.
Op het moment van dit incident was Johan de Witt formeel nog geen raadpensionaris. Hij was pensionaris van Dordrecht en nam sinds het overlijden van raadpensionaris Adriaan Pauw diens taken waar. In de praktijk leidde hij de Staten van Holland al, maar zonder het formele gezag van de functie. De dreiging aan het adres van zijn vader was persoonlijk, maar onmiskenbaar politiek geladen. De zomer van 1653 werd gekenmerkt door diepe politieke onrust tijdens de Eerste Engelse Oorlog. De Nederlandse Republiek leed zware nederlagen op zee, de handel lag door Engelse blokkades vrijwel stil en onder brede lagen van de bevolking groeide de woede over het staatsgezinde, stadhouderloze bewind. In steden als Enkhuizen, Dordrecht, Rotterdam en Delft kwam het tot openlijke demonstraties voor de Prins van Oranje.
Na de zomer van 1653 keerde de rust geleidelijk terug. Op 23 juli werd Johan de Witt definitief benoemd tot raadpensionaris en legde hij kort daarna de eed af. Met dat gezag trad het bestuur harder op tegen oproer, onder meer in Enkhuizen. Op zee zorgde de slag bij Ter Heide op 10 augustus 1653 voor een wending. Admiraal Maarten Tromp sneuvelde, maar de Engelse blokkade werd uiteindelijk opgeheven, waardoor de druk op de Nederlandse kust afnam, ook al was de oorlog met de Engelsen nog niet voorbij. Die eindigde in april 1654 met het sluiten van de Vrede van Westminster.